Institutas įsteigtas 1950 metais Girionyse, Kauno rajone, suteiktas valstybinio mokslo instituto statusas.

Nuo 2010 m. Miškų institutas yra Lietuvos agrarinių ir miškų mokslų centro filialas. Misija – vykdyti fundamentinius ir taikomuosius miškotyros ir aplinkotyros tyrimus, reikalingus naujoms žinioms gauti bei šalies socialinės, ekologinės ir ekonominės plėtros tikslams pasiekti, skleisti miškotyros ir aplinkotyros objektyvią mokslinę ir techninę informaciją, ruošti miškotyros ir aplinkotyros mokslo darbuotojus.

Institutas vykdo iš valstybės biudžeto finansuojamus tyrimus pagal 4 pagrindines veiklos kryptis:

1. Miško ekosistemų biologinės įvairovės ir tvarumo tyrimai;

2. Miškų atkūrimo, produktyvumo didinimo, apsaugos ir naudojimo technologijos;

3. Miškų genetinių išteklių išsaugojimo, miško medžių selekcijos tyrimai;

4. Miškų politika, socialinės bei ekonominės problemos nuosavybės rūšių kaitos sąlygomis.

Be to, institutas vykdo užsakomuosius mokslo darbus bei mokslo taikomąją veiklą.

Institutas yra Tarptautinės miškų tyrimo organizacijų sąjungos (IUFRO) narys. Pasirašytos bendradarbiavimo sutartys su Vokietijos, Lenkijos, Slovakijos, Latvijos ir kitų šalių miškų institutais. Dalyvaujama vykdant bendrus tarptautinius projektus.

Institute leidžiamas mokslo žurnalas lietuvių kalba "Miškininkystė" ir tarptautinis žurnalas anglų kalba “Baltic Forestry”.

Lietuvos agrarinių ir miškų mokslų centro filialo Miškų instituto veiklos nuostatai (atsisiųsti).